Canopy laser scanning to study the complex architecture of large old trees Barbara D'hont1 , Professor Kim Calders1 , Professor Alexandre Antonelli6 , Dr. Thomas Berg7 , Dr. Karun Dayal1 , Dr. Leonard Hambrecht5 , Dr. Maurice Leponce2,3, Prof. Arko Lucieer5 , Olivier Pascal4 , Professor Pasi Raumonen8, Professor Hans Verbeeck1 1Q-ForestLab, Department of Environment, Ghent University, Ghent, Belgium, 2Royal Belgian Institute of Natural Sciences, Brussels, Belgium, 3Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium, 4Fonds de Dotation Biotope Pour La Nature, France, 5School of Geography, Planning, and Spatial Sciences, University of Tasmania, , Australia, 6Royal Botanic Gardens, Kew, Richmond, Surrey, United Kingdom, 7ARAÇÁ Project, Nova Friburgo, Rio de Janeiro, Brazil, 8Faculty of Information Technology and Communication Sciences, Tampere University, Tampere, Finland Large trees are keystone structures providing multiple ecosystem functions in forests all around the world: they disproportionately contribute to forest biomass and biodiversity. Large trees can have an extremely complex structure, housing many epiphytes on their stem and branches. High point-density 3D point clouds, in which leaves and epiphytes in the tree can be distinguished, are useful to make the link between the distribution of organisms on the tree, the tree architecture and its microclimate. In addition, a comprehensive branching model can improve above ground biomass (AGB) estimates. Highly detailed, complete point clouds of large trees are, however, exceptionally difficult to derive. With terrestrial laser scanning, the state-of-the-art method to capture 3D tree structure, the plant material blocks the view of (or, occludes) the top part of the dense crown. Drone or airborne laser scanning data on the other hand, lacks detail in the subcanopy. Combining these two methods minimises occlusion; however, increased distance from the tree to the scanner still leads to a relatively low resolution of the canopy point clouds. To improve the level of precision of the tree point clouds, we introduce a new concept, called canopy laser scanning (CLS). With CLS, a laser scanner is operated statically inside the tree canopy, reducing the distance between the area of interest and the instrument. We lifted a high-end laser scanner (RIEGL vz-400(i)) inside the canopy of six large emergent trees. Four of these trees are located in different types of tropical rainforests in Colombia, Brazil and Peru. They are part of biodiversity programs in which organisms and their spatial distributions are studied (Life On Trees, Araçá). The two other trees are famous giants located in the wet temperate eucalypt forests of southern Tasmania. We will present the practical aspects of CLS, evaluate the extra value of using canopy scans, looking at occlusion and point cloud precision, estimate epiphyte cover and AGB. We demonstrate that canopy laser scanning opens up new opportunities in sciences in which multi-disciplinary teams perform in depth research on large individual trees.
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RBINS Staff Publications 2023
Pachacamac est un site précolombien majeur situé sur la côte centrale du Pérou. D'une superficie d'environ 6 km2, le site a été occupé pendant plus de mille ans avant la conquête espagnole au début du 16e siècle. En 2012, le projet Ychsma (ULB) a découvert une sépulture multiplede la Période Intermédiaire récente (900 à 1470 après JC) nommée Cx4, composée de deux chambres funéraires recouvertes d’un toit végétal, et contenant 89 défunts intacts ou fragmentaires ainsiqu’un abondant matériel funéraire . Plus de 60 % des individus sont des subadultes dont le sexe ne peut être attribué sur la seule base d'observations ostéologiques. L'analyse de l'ADN ancien (ADNa) peut être utile pour la détermination du sexe, la lignée mitochondriale générale (haplogroupe) et le diagnostic de maladies. A noter que la contamination non endogène du matériel archéologique par l'ADN est un problème récurrent, car les fouilles, la manipulation et le stockage ne répondent généralement pas aux critères recommandés pour l'analyse de l'ADN ancien. Nonobstant, nous présentons les résultats de l'ADNa de plusieurs individus humains récupérés dans le contexte Cx4. Nos objectifs sont de compléter les informations démographiques et de caractériser l'état de santé de la population enterrée dans ce lieu de pèlerinage dédié au dieu guérisseur éponyme, et ce en combinant bioarchéologie et archéologie moléculaire. Malgré une contamination humaine moderne importante et de faibles quantités d'ADN ancien endogène, nos résultats montrent que le sexe pourrait être attribué génétiquement dans >80% des cas, y compris les subadultes. L'identification du sexe des nourrissons, des enfants et des adolescents est cruciale pour bien comprendre ce contexte complexe et son recrutement funéraire, et pour effectuer une analyse intégrée et holistique de toutes les données associées. Les données ont également été utilisées pour estimer la présence d’ADNa de plusieurs agents pathogènes à l'aide de l'outil de classification taxonomique KrakenUniq.
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RBINS Staff Publications 2024
