Pachacamac est un site précolombien majeur situé sur la côte centrale du Pérou. D'une superficie d'environ 6 km2, le site a été occupé pendant plus de mille ans avant la conquête espagnole au début du 16e siècle. En 2012, le projet Ychsma (ULB) a découvert une sépulture multiplede la Période Intermédiaire récente (900 à 1470 après JC) nommée Cx4, composée de deux chambres funéraires recouvertes d’un toit végétal, et contenant 89 défunts intacts ou fragmentaires ainsiqu’un abondant matériel funéraire . Plus de 60 % des individus sont des subadultes dont le sexe ne peut être attribué sur la seule base d'observations ostéologiques. L'analyse de l'ADN ancien (ADNa) peut être utile pour la détermination du sexe, la lignée mitochondriale générale (haplogroupe) et le diagnostic de maladies. A noter que la contamination non endogène du matériel archéologique par l'ADN est un problème récurrent, car les fouilles, la manipulation et le stockage ne répondent généralement pas aux critères recommandés pour l'analyse de l'ADN ancien. Nonobstant, nous présentons les résultats de l'ADNa de plusieurs individus humains récupérés dans le contexte Cx4. Nos objectifs sont de compléter les informations démographiques et de caractériser l'état de santé de la population enterrée dans ce lieu de pèlerinage dédié au dieu guérisseur éponyme, et ce en combinant bioarchéologie et archéologie moléculaire. Malgré une contamination humaine moderne importante et de faibles quantités d'ADN ancien endogène, nos résultats montrent que le sexe pourrait être attribué génétiquement dans >80% des cas, y compris les subadultes. L'identification du sexe des nourrissons, des enfants et des adolescents est cruciale pour bien comprendre ce contexte complexe et son recrutement funéraire, et pour effectuer une analyse intégrée et holistique de toutes les données associées. Les données ont également été utilisées pour estimer la présence d’ADNa de plusieurs agents pathogènes à l'aide de l'outil de classification taxonomique KrakenUniq.
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