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Article Reference Lost and found: Rediscovery of de Ryckholt’s collection of Cretaceous Mollusca (Belgium and N. France).
Located in Library / RBINS Staff Publications
Article Reference Drivers of intraspecific variation in Iguanodon bernissartensis (Ornithischia, Dinosauria): a preliminary 3D investigation of foot bones
Located in Library / RBINS Staff Publications 2023
Inproceedings Reference Increased densities of the bio-irrigator Lanice conchilega affect composition and diversity of nosZ transcripts.
The presence of the piston-pumping polychaete Lanice conchilega can induce short term oscillations in oxygen and nitrate availability at deeper sediment layers, affecting the functional properties of local microbial communities. Here, we investigated the effect of Lanice conchilega densities on the expression of the nosZ gene, a gene encoding for the enzymes involved in the last step (reduction of N2O) of the denitrification pathway. Sediments with “high” , “low” and no Lanice individuals were collected from the intertidal and incubated submerged (reflecting the high water tide) in the lab, to measure vertical oxygen profiles and oxygen oscillations during 35 minutes at 1.5 mm sediment depth before slicing the sediment, and extracting RNA for Illumina sequencing the nosZ gene. We found 502 unique amino acid sequences (“nosZ-UAT), only 21 of them were abundant (>1% relative abundance). nosZ-AUT based community analyses showed that high densities of Lanice significantly affected the nosZ transcript composition. In addition, higher variability was observed in the high density treatments as well. Further differences were observed between the top layer of the sediment (0-0.5 cm) and the investigated deeper layers. The difference in nosZ-AUT Shannon diversity between deeper sediment layers and the upper sediment layer increased with Lanice density. The observed differences in nosZ-AUT composition and diversity at small horizontal (m) and vertical (cm) scale can thus be attributed to differences in bio-irrigator densities. We hypothese that this due to stronger oscillations of both O2 and NO3- availability in the presence of high densities of bio-irrigators. Oscillations of O2 concentrations at a single spot in otherwise anoxic environments create microhabitats where coupled nitrification-denitrification is possible, while providing the environment with NO3- provides substrate for denitrification. As such, the presence of high densities of bio-irrigators increase the effect of already reported tide-related redox oscillations during periods of submersion.
Located in Library / RBINS Staff Publications 2017
Inproceedings Reference SeaDataNet, a Network of Distributed Oceanographic Data Centres Now Going to the Cloud
Located in Library / RBINS Staff Publications 2017
Techreport Reference 4 Decades of Belgian Marine monitoring: Uplifting historical data to today’s needs
Contamination, eutrophication and acidification (MSFD descriptors) are intensely studied in the Belgian Coastal Zone (BCZ) since 1970. The use of historic data in long-term analyses has some major drawbacks: unavailability of the (meta)data and inconsistencies in spatial resolution, frequency, measurement techniques and storage. BMDC (RBINS) and VMDC (VLIZ), both NODCs, integrated all sources, its data and metadata in databases and updated the catalogues. The data are further uplifted by means of high tech methods for intense quality-check, intercalibration and valorisation of the integrated data sets and finally the assessment of environmental changes. A central data portal is under development, where the project data of the two NODCs will be made publically accessible. The case study on contaminants in sediment show the robustness of using Al and Fe as normalizers.
Located in Library / RBINS Staff Publications 2017
Inproceedings Reference From toad to frog: osteological description and taxonomic reattribution of the 'mummified' holotype of Bufo servatus, an Eocene anuran, based on micro-CT examination
The Quercy Phosphorites are a set of Eocene-Oligocene deposits from South-West France that yielded numerous vertebrate fossils, including amphibians, mostly as isolated bones. However, in 1873, several exceptional amphibian specimens were discovered, with the external surface of the unmineralized tissues preserved, and were commonly referred as “mummies”. In the 19th century, they were described without any knowledge of their internal anatomy. Since 2012, we have started scanning these “mummies”, revealing the preserved internal soft tissues and articulated skeleton. A first specimen was attributed in 2013 to Thaumastosaurus gezei and we here present our results from the tomography of a second “mummified” anuran, previously identified as Bufo servatus. The tomography showed a preserved articulated skeleton, and its osteological characteristics are similar to the first scanned anuran “mummy”, representing different ontogenetic stages. Both are now both attributed to Thaumastosaurus servatus nov. comb. The new anatomical information is used to assess the affinities of T. servatus, which appears to belong to the Pyxicephalidae, an African anuran clade. Thaumastosaurus thus represents both the oldest occurrence of this clade in the fossil record and its first occurrence outside of Africa. Its presence in Europe highlights a faunistic exchange with Africa during the Eocene, also documented for several clade of squamates. The presence of this African herpetofauna in Europe might be linked to the warmer climate during the Eocene. However, most of this herpetofauna, including Thaumastosaurus, disappeared from the region around an extinction event (named the “Grande Coupure”) that took place around the Eocene/Oligocene transition (~34 Ma).
Located in Library / RBINS Staff Publications 2021
Inproceedings Reference La mystérieuse couleuvre Taumastophis de l'Eocène inférieur de l'Inde
La Formation du Shale de Cambay, visible dans les mines de lignite de Vastan, Mangrol et Tadkeswhar au Gujarat, dans l’ouest de l’Inde, a livré une riche faune yprésienne de vertébrés incluant des serpents madtsoïdes, palaeophiidés, booidés et colubroïdes. Ces derniers sont particulièrement abondants mais leurs affinités systématiques sont difficiles à résoudre. Une étude plus détaillée du serpent colubroïde Thaumastophis missiaeni a été entreprise (Zaher et al., 2021). Celle-ci révèle la présence sur ces sites de vertèbres troncales antérieures, moyennes et postérieures ainsi que quelques vertèbres caudales. La combinaison de caractères vertébraux cénophidiens et colubroïdes primitifs et dérivés confirme que Thaumastophis est à la base des Colubriformes. Il en serait le plus ancien représentant connu tandis que Procerophis, découvert dans les mêmes niveaux, peut être considéré comme un Colubriformes dérivé. Par ailleurs, Thaumastophis partage avec le serpent Renenutet enmerwer, connu de l’Eocène supérieur d’Egypte, la combinaison unique des caractères vertébraux suivants: processus prézygapophysénaux bien développés, présence de foramens parazygapophysénaux, épines neurales hautes sur les vertèbres troncales moyennes et postérieures, épines neurales envahissant le tectum zygosphénien, régions para- et diapophysaires distinctes, hypapophyses présentes sur les vertèbres troncales antérieures, vertèbres caudales avec haemapophyses laminaires étendues, cotyle déprimé. Ceci suggère un échange faunique entre l’Inde et l’Afrique du Nord, en passant par la marge la plus au Sud de la Neothethys. Une nouvelle famille des Thaumastophiidae peut donc être proposée incluant le genre Thaumastophis et Renenutet sur base de leur morphologie vertébrale dérivée. Financements Les missions de terrain et la recherche associée ont été financées par la Leakey Foundation; la National Geographic Society; le Département des Sciences et Technologies du gouvernement Indien; le Wadia Institute of Himalayan Geology, Dehradun, Inde; le projet PalEurAfrica de la Politique Scientifique fédérale belge; le Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico; le Coordenação de Aperfeicoamento de Pessoal de Nível Superior; la Fundaçáo de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Références Zaher H., Folie A., Quadros A.B., Rana R.S., Kumar K., Rose K.D., Fahmy M. & Smith T., 2021. Additional vertebral material of Thaumastophis (Serpentes: Caenophidia) from the early Eocene of India provides new insights on the early diversification of colubroidean snakes. Geobios, 66-67: in press.
Located in Library / RBINS Staff Publications 2021
Inproceedings Reference Et le crapaud devint grenouille : Description ostéologique et réattribution taxonomique de Bufo servatus, une "momie" des Phosphorites du Quercy
Les Phosphorites du Quercy sont un ensemble de sites datant de l’Eocène et de l’Oligocène du Sud-Ouest de la France. Ils sont connus pour leurs nombreux restes fossiles, dont des amphibiens, majoritairement représentés sous forme d’ossements isolés. Cependant, en 1873, plusieurs spécimens d’amphibiens à préservation exceptionnelle furent découverts. Montrant l’aspect des tissus externes (peau, yeux...), ces spécimens furent dès l’origine considérés comme des momies naturelles. Durant le 19ème siècle, ils ont été décrits sans aucune connaissance de leur anatomie interne. Depuis 2012, nous avons commencé à tomographier ces momies, révélant des structures internes telles que des tissus mous internes et un squelette articulé. Un premier spécimen a été attribué en 2013 à Thaumastosaurus gezei et nous présentons ici les résultats de la tomographie d’un second anoure momifié, jusqu’ici identifié comme Bufo servatus. La tomographie a révélé un squelette articulé dont les caractéristiques ostéologiques sont similaires à celles du premier anoure momifié, bien qu’il représente un stade ontogénétique différent. Les deux momies sont attribuées à Thaumastosaurus servatus nov. comb. Les nouvelles informations anatomiques sont utilisées pour préciser les affinités phylogénétiques de Thaumastosaurus, qui serait placé au sein des Pyxicephalidés, un clade d’anoures africain. Thaumastosaurus représenterait dès lors à la fois la plus ancienne occurrence du clade dans le registre fossile mais aussi sa première occurrence hors d’Afrique. Sa présence en Europe souligne un potentiel échange faunique avec l’Afrique durant l’Eocène ou même dès le Paléocène. La présence de ce représentant d’un clade africain dans l’herpétofaune européenne est peut-être liée au climat chaud durant l’Eocène. Cependant, la plus grande partie de cette herpétofaune, dont Thaumastosaurus, disparait d’Europe durant le renouvellement faunique de la Grande Coupure, autour de la transition Eocène/Oligocène (~34 Ma).
Located in Library / RBINS Staff Publications 2021
Inproceedings Reference Pérénité et propriété des collections numériques de paléontologie de l'Institut royal des Sceinces naturelles de Belgique
Depuis près de 10 ans, l’Institut royal des Sciences naturelles de Belgique (IRSNB) s’équipe d’outils divers et variés pour numériser et valoriser ses 38 millions de spécimens : système de photostaking, microscope électronique à balayage, photogrammétrie en lumière structurée, micro- et nano-CT scanners et plus récemment scanner surfacique mobile. En Paléontologie, troisième plus grande collection sur les six que compte l’IRSNB, la priorité est pour l’instant donnée aux spécimens dits “Types et Figurés”. Avec plus de 40.000 spécimens types et figurés sur plus de 3 millions dans les collections générales, il y a déjà du pain sur la planche. Dans ce cadre, la plateforme numérique maison « Open Source » nommée Virtual Collections « » permet l’accès aux images et aux modèles tridimensionnels de ces spécimens de référence. C’est alors que se posent les questions de la pérennité et de la propriété des images. Les images réalisées à l’IRSNB ne posent pas de problèmes car elles sont protégées par une licence CC BY NC ND et sont conservées sur une plateforme de la Politique scientifique fédérale (BELSPO = ministère belge des affaires scientifiques) afin de pérenniser l’accès aux collections numériques. En revanche, qu’en est-il des images réalisées par d’autres institutions et déposées sur des plateformes externes telles que Morphosource, Digimorph, MorphoMuseuM, pour ne citer que les plus connues? Ces images et modèles des spécimens de l’IRSNB sont-ils également protégés, notamment contre des pratiques commerciales et qui sont les réels détenteurs des droits à l’image? Nous décrivons ici les divers cas de figures et tentons de répondre à ces questions qui taraudent de plus en plus les grands musées de histoires naturelles.
Located in Library / RBINS Staff Publications 2021
Inproceedings Reference Les momies de l'Eocène des phosphorites du Quercy
Les phosphorites du Quercy forment un ensemble de gisements phosphatés ayant livré une importante faune, couvrant la transition Eocène-Oligocène. Au sein de ces gisements, les restes osseux d’amphibiens sont nombreux, bien que majoritairement isolés. En 1873, plusieurs spécimens d’amphibiens et de serpents en furent extraits, présentant une fossilisation assez unique en trois dimensions conservant la forme, les dimensions et l’aspect externe in vivo de ces petits vertébrés. Communément appelés « momies » par leur aspect externe préservé, ces derniers furent décrits au XIXème siècle, sans que leur anatomie interne ne soit en fait connue. Depuis 2012, les spécimens de ces amphibiens commencent à être tomographiés, révélant ainsi la présence interne de tissus mous et squelettiques quasiment complets et articulés. Nous décrivons ici la tomographie d’un deuxième spécimen d’anoure, identifié préalablement comme un « crapaud » (Bufo servatus). Elle révèle la même anatomie que l’autre momie déjà décrite, mais à un stade de développement plus avancé et avec une ceinture pectorale non déformée. Ces individus peuvent être attribués au taxon Thaumastosaurus gezei, et représentent des stades ontogénétiques différents. Avec ces données anatomiques, nous avons inclus Thaumastosaurus au sein d’une phylogénie, le plaçant proche des Pyxicephalidae, clade d’anoures africains. Thaumastosaurus représente à la fois la seule occurrence avérée de ce clade dans le registre fossile et hors d’Afrique. Sa présence en Europe permet par ailleurs de mettre en évidence un échange faunique entre l’Afrique et l’Europe durant l’Eocène. L’émergence de ce type d’herpétofaune africaine en Europe à ce moment serait liée au climat chaud dans la région. Ce taxon et la plus grande partie de cette herpétofaune africaine disparaissent cependant d’Europe lors du refroidissement de la limite Eocène-Oligocène (autour de 34 millions d’années) connu sous le nom de Grande Coupure.
Located in Library / RBINS Staff Publications 2021