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Characterization of a multiple burial context from Pachacamac, Peru: complementarity between bioarchaeology and molecular archaeology
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Pachacamac is a major precolumbian site located on Peru’s Central Coast. Covering approximately 6 km2, the site was occupied for over a thousand years before the Spanish conquest in the early sixteenth century. In 2012, the Ychsma Project discovered a unique Late Intermediate period (AD 900–1470) multiple burial (“Cx4”) made of two funerary chambers with a vegetal roof structure, containing over 110 intact and fragmentary deceased together with numerous grave goods. More than 60% of the individuals are subadults whose sex cannot be assigned using osteological observation. Among the adults, 23 females and 20 males were identified, and the sex of the remaining four individuals couldn’t be assigned with certainty. We aim to fully understand the sociobiology of the Cx4 population, including biological sex, using a combined bioarchaeology and molecular archaeology approach. Despite significant human modern contamination and low amounts of endogenous ancient DNA, our results show that sex could be assigned genetically in >70% of the cases, including subadults. Sex identification of infants, children and adolescents is crucial to fully understand this complex context and its funerary recruitment, and to perform an integrated and holistic analysis of all associated data.
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RBINS Staff Publications 2024
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Caractérisation d'une sépulture multiple de Pachacamac, Pérou : complémentarité entre la bioarchéologie et l'archéologie moléculaire
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Pachacamac est un site précolombien majeur situé sur la côte centrale du Pérou. D'une superficie d'environ 6 km2, le site a été occupé pendant plus de mille ans avant la conquête espagnole au début du 16e siècle. En 2012, le projet Ychsma (ULB) a découvert une sépulture multiplede la Période Intermédiaire récente (900 à 1470 après JC) nommée Cx4, composée de deux chambres funéraires recouvertes d’un toit végétal, et contenant 89 défunts intacts ou fragmentaires ainsiqu’un abondant matériel funéraire . Plus de 60 % des individus sont des subadultes dont le sexe ne peut être attribué sur la seule base d'observations ostéologiques. L'analyse de l'ADN ancien (ADNa) peut être utile pour la détermination du sexe, la lignée mitochondriale générale (haplogroupe) et le diagnostic de maladies. A noter que la contamination non endogène du matériel archéologique par l'ADN est un problème récurrent, car les fouilles, la manipulation et le stockage ne répondent généralement pas aux critères recommandés pour l'analyse de l'ADN ancien. Nonobstant, nous présentons les résultats de l'ADNa de plusieurs individus humains récupérés dans le contexte Cx4. Nos objectifs sont de compléter les informations démographiques et de caractériser l'état de santé de la population enterrée dans ce lieu de pèlerinage dédié au dieu guérisseur éponyme, et ce en combinant bioarchéologie et archéologie moléculaire. Malgré une contamination humaine moderne importante et de faibles quantités d'ADN ancien endogène, nos résultats montrent que le sexe pourrait être attribué génétiquement dans >80% des cas, y compris les subadultes. L'identification du sexe des nourrissons, des enfants et des adolescents est cruciale pour bien comprendre ce contexte complexe et son recrutement funéraire, et pour effectuer une analyse intégrée et holistique de toutes les données associées. Les données ont également été utilisées pour estimer la présence d’ADNa de plusieurs agents pathogènes à l'aide de l'outil de classification taxonomique KrakenUniq.
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RBINS Staff Publications 2024
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Paleo-genetic and paleo-pathological studies at Pachacamac: methodological issues and characterization of a multiple burial context (in Spanish)
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Pachacamac is a major pre-Columbian site located on Peru’s Central Coast. Covering approximately 6 km2, the site was occupied for over a thousand years before the Spanish conquest in the early 16th century. In 2012, the Ychsma Project excavated a Late Intermediate Period (900 to 1470 AD) multiple tomb (Cx4) made of two funerary chambers covered by a vegetal roof, containing 89 deceased together with numerous grave goods. Over 60% of the individuals are subadults whose sex cannot be assigned based on osteological observations. Ancient DNA (aDNA) analysis can be useful for sex determination, general mitochondrial lineage (haplogroup) and disease diagnosis. However, non-endogenous DNA contamination of archaeological material is a recurrent problematic, since excavation, handling and storage usually don't fit with the precautions recommended for ancient DNA analysis. Nevertheless, we obtained aDNA results from several human individuals recovered from the Cx4 context. Our objectives are to complete the demographic information and to characterize the health status of the population buried in this pilgrimage site dedicated to the eponymous healing god. Despite significant human modern contamination and low amounts of endogenous ancient DNA, our results show that sex could be assigned genetically in >80% of the cases, including subadults. Sex identification of infants, children and adolescents is crucial to fully understand this complex context and its funerary recruitment, and to perform an integrated and holistic analysis of all associated data. The genetic data were also used to estimate the presence of several pathogens using the KrakenUniq taxonomical classification tool.
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RBINS Staff Publications 2024
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Détection et identification moléculaire des parasitoïdes des larves de cécidomyie orange du blé
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La cécidomyie orange du blé est un important ravageur. Ce diptère est contrôlé naturellement par un complexe d’hyménoptères parasitoïdes. Pour faciliter l’étude de celui-ci, nous avons développé des outils moléculaires pour la détection et l'identification des sept espèces de parasitoïdes rencontrées en Belgique. Des séquences d'ADN des gènes COI, 18S et 28S ont été obtenues à partir de spécimens de référence. Sur la base du 18S, nous avons développé différents tests permettant la détection du parasitisme ou l’identification des espèces de parasitoïde. Ces outils moléculaires ont été appliqués avec succès pour évaluer le taux de parasitisme de larves issues de sept champs. Il s’avère que le taux de parasitisme varie entre 0 % et 33%. L’espèce dominante est Macroglenes penetrans, suivie de Platygaster tuberosula et Euxestonotus error conformément à la littérature. Grâce à cet outil, le suivi du parasitisme sera facilité afin d’améliorer la compréhension de ce contrôle biologique.
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RBINS Staff Publications 2024
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CT-CEPH: Applying micro-CT imaging in the study of Belgian fossil nautilid cephalopods
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RBINS Staff Publications 2021
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Sclerochronological evidence of pronounced seasonality from the Pliocene of the southern North Sea Basin, and its implication
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RBINS Staff Publications 2021
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Seasonal variability in a warming climate: Lessons from the Pliocene Warm Period and beyond.
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RBINS Staff Publications 2021
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A diverse Miocene toothed whale (Odontoceti) fauna from Calvert Cliffs, Atlantic Coastal Plain, U.S.A.
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RBINS Staff Publications 2019
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Early dispersal for quadrupedal cetaceans: an amphibious whale from the middle Eocene of the southeastern Pacific
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RBINS Staff Publications 2019
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DIVERSE ARCHIVAL HIV-1 GENOMES FROM THE 1980’S IN DR CONGO
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RBINS Staff Publications 2023 OA